Depuis la nuit des temps, à chaque fois que les forces du mal menacent le monde, des combattants de l'espoir se dressent sur leur chemin. Revêtus de leurs armures sacrées placées sous le signe des constellations, ils se battent pour protéger la déesse Athéna et défendre la Terre en enflammant leur Cosmos, l'énergie qui sommeille en chacun de nous. Ce sont les Chevaliers du Zodiaque !

Seiya, le Chevalier de Pégase, a déjà sauvé la vie d’Athéna à de nombreuses reprises. Les batailles qu’il a livrées, accompagné de ses camarades, les autres chevaliers de Bronze, sont entrées dans la légende.
 
Au cours de l’une d’elles, Seiya a affronté Mars, le Dieu de la Guerre et gardien de la planète du même nom, qu’il a vaincu et emprisonné et a sauvé par la même occasion la vie d’un tout petit bébé, recueilli ensuite par Saori Kido (Athéna).
Puis, une météorite est tombée sur Terre, provoquant des changements dans l'utilisation du Cosmos, l'énergie vitale des Chevaliers. Dorénavant, chaque Chevalier possède un cristal qui contient son armure. Celui-ci est également rattaché à un élément qui définira les attaques de son possesseur.
Mais le temps a passé et le retour de Mars est imminent.
Koga, le bébé sauvé par Seiya, est devenu un jeune garçon. Il s’entraîne chaque jour pour devenir un Chevalier et être capable de défendre la Terre lors des prochaines guerres.
 
Peu studieux et colérique, le jeune Koga finit par comprendre l'importance de sa mission lorsqu'il voit Athéna se faire enlever sous ses yeux par Mars.
Il décide de partir à sa recherche en se rendant à l'école des Chevaliers d'Athéna : la Palestre, pour bientôt découvrir que certains Chevaliers se sont mis au service de Mars contre Athéna.
 
Le Dieu de la Guerre, dans sa soif de puissance est allé jusqu'à installer une fausse réincarnation d'Athéna pour s’assurer du soutien de ses troupes.
Accompagné d'autres jeunes Chevaliers, comme Soma, Chevalier du Petit Lion, Yuna, Chevalier de l'Aigle, et Haruto, Chevalier du Loup, Koga part en campagne pour retrouver la véritable Athéna et déjouer les plans de l'infâme Mars.

Dans Saint Seiya Omega, les armures sont liées à des joyaux nommés "Cloth Stones" (クロストーン, Kurosutōn^?) (ou « Cristaux d'armures ») et n'adoptent pas obligatoirement l'apparence de « totems » (forme « objet ») une fois retirées par leur porteur. Ce changement est dû à une météorite qui s'est écrasée sur Terre. Les débris ont fusionné avec les armures, les transformant en "Cloth Stones" et leur conférant un pouvoir supplémentaire, dit élémentaire, transmis au Chevalier.

Cette évolution n'empêche pas de montrer dans le courant de l'histoire des armures sous leur forme de totems (Balance, Verseau, Scorpion) mais seules les armures d'Or semblent avoir préservé cette faculté ; il n'a pas été révélé si les armures d'Argent et de Bronze ont conservé leurs totems.

Après la victoire de Kōga contre Apsû (aussi appelé Abzu), l'influence des ténèbres disparaît et les armures perdent petit à petit leur statut de "Cloth Stones", en fonction du cosmos de leurs porteurs. Le déroulement de l'histoire remet en place la forme « objet » et le retour de la Cloth Box (appelée symboliquement Pandora Box), boîte dans laquelle repose l'armure lorsqu'elle n'est pas portée.

Saint Seiya Omega attribue à chaque Chevalier une affinité élémentaire spécifique : le Feu (火, Hi^?), le Vent (風, Kaze^?), la Foudre (雷, Kaminari^?), la Terre (地, Chi^?), l'Eau (水, Mizu^?), les Ténèbres (闇, Yami^?) et la Lumière (光, Hikari^?). Une relation de domination existe entre les cinq premières affinités :

• le Feu bat le Vent ;
• le Vent bat la Terre ;
• la Terre bat la Foudre ;
• la Foudre bat l'Eau ;
• l'Eau bat le Feu.

Dans le quatrième épisode de la série, il est expliqué qu'à puissance égale, un élément dominant peut vaincre un élément dominé. Toutefois, cette domination est relative lorsque Ryūhō arrive à vaincre une défense de Terre avec une attaque d'Eau plus puissante.

Dans le douzième épisode, Shun explique la possibilité pour les chevaliers d'utiliser un élément et les nouvelles formes des armures qui sont dues à un phénomène céleste qui s'est produit lors de la première bataille contre Mars.